Основой экспозиции являются печатные, рукописные и эпистолярные источники. Среди них — мемориальные труды К. Насыри и рукописная книга, переписанная его рукой, а также учебники медресе, образцы устного народного творчества татарского народа, воспоминания родственников, очевидцев и фотографии из частных архивов. Здесь так же представлен этнографический материал, собранный, в том числе, в татарских селениях бывшего Свияжского уезда — родины ученого. Кроме того, выставлены личные вещи, принадлежавшие родственникам К. Насыри.
Среди ценных коллекций — мемориальная коллекция Каюма Насыри, личные вещи рода Хусаиновых, Марата Валишина, а также коллекция книг и учебников медресе на арабском и татарском языках конца XVIII — XX вв.
Музей постоянно ищет новые формы работы. Среди них — создание музейного «Сада памяти», заложенного в 1997 году. Сегодняшний сад радует, восхищает всех, кто приходит в музей. Он стал дополнительным экспозиционным залом под открытым небом, где за его оформление отвечает сама природа.