Основной целью работы музея является осуществление научно — просветительской, научно — исследовательской и образовательной деятельности, выявление и комплектование музейных предметов и музейных коллекций по истории и культуре Ислама и мусульманской цивилизации в Среднем Поволжье, их изучение и публичное представление.
В первом зале представлены темы об истории религии, пророках, первоисточниках и основах Ислама, о роли Ислама в регулировании разных сфер жизни общества, нравственных принципах Ислама. В экспозиции интересен комплекс предметов для совершения молитвы — намаза — коврик молитвенный, компас для нахождения направления в Мекку, четки, макет Каабы, многочисленные экземпляры рукописного и типографского Корана, увидевшие свет в разное время и в разных местах планеты.
Во втором зале в хронологическом порядке рассказывается об Исламской цивилизации Среднего Поволжья, о роли Ислама в истории и культуре татарского народа. В экспозиции — серебряные монеты с арабской вязью разных стран и периодов, рисунок-реконструкция Соборной мечети в Булгарах, копия прозаического сочинения золотоордынского писателя Махмуда Булгари «Нахдж аль Фарадис». Здесь же выставлены портреты Ш. Марджани и Г. Курсави.
Особую ценность имеет книга Ш. Марджани на арабском языке: введение к книге «Очевидная истина о достоинствах веры» 1889 года издания с личной печатью автора. Значительный интерес представляют фотографии и книги ученых — богословов, просветителей — Г. Баруди, Р. Фахрутдинова, А. Максуди, З. Камали, Г. Буби, М. Бигиева; учебники и расписания уроков медресе. Центральное место в зале занимает условный интерьер кабинета просветителя. Он воссоздан из мебели, предметов, книг той эпохи, в которой жили татарские просветители.
В экспозиции также представлены материалы о татарках — мусульманках конца XIX — начала XX веков, об их борьбе за светское образование, за свободу и равноправие — фотографии, учебники, документы, дореволюционный номер женского журнала «Сююмбике». Здесь же посетители имеют возможность увидеть женский костюм зажиточной горожанки конца XIX века. Распространение Ислама в Поволжье способствовало расцвету культурного уровня и грамотности народов, утверждению высоких идеалов нравственности и морали.